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    为了解决这种缺乏解释性的问题,CeMM博士后研究员尼古拉斯·福特尔尼和CeMM首席研究员克里斯托夫·博克(Christoph Bock)提出了直接在生物网络上进行深度学习的想法,而不是传统深度学习中使用的通用、完全连接的人工神经网络。他们建立了基于信号通路和基因调控网络的“知识驱动神经网络”(kpns)。在kpns中,每个节点对应一个蛋白质或一个基因,每一个边缘都有一个机械的生物学解释(例如,蛋白a调节基因B的表达)。

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    在生物学中,深度学习已成为从基因组数据(例如基因表达谱)预测表型(即细胞或个体的可观察特征)的有力方法。深度学习通常是一种“黑匣子”方法:当提供足够的训练数据时,神经网络是非常强大的预测器。例如,它们已经被用来根据基因表达谱预测细胞类型,以及从DNA序列数据预测蛋白质结构。但是标准的神经网络不能用人类可以理解的方式来解释输入和输出之间的学习关系。因此,到目前为止,深度学习对推进我们对细胞内分子功能的机械理解几乎没有贡献。

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